Il centro storico della cittadina sorge in posizione strategica su un colle lungo l’Arno a metà strada tra Firenze e Pisa; la città, fino alla definitiva conquista fiorentina, è stata quindi scena di scontri fra i due odierni capoluoghi. Sede di diocesi, San Miniato è un importante centro economico ed industriale della zona del cuoio ed è famosa per i suoi tartufi bianchi. Il nucleo storico della cittadina si estende su tre colli confinanti lungo la piana dell’Arno, a 140 m.s.l., con un impianto urbanistico medievale intatto. La posizione è particolarmente felice per il controllo dei principali assi viari e fluviali della zona, dalla via Francigena alla via Pisana, e dall’Arno all’Elsa.
Più a valle, sul lato nord, si estende San Miniato Basso (26 m.s.l.), che ne rappresenta la frazione industriale (soprattutto attiva nella lavorazione delle pelli e del cuoio), sviluppatasi a partire dagli anni cinquanta del Novecento. Si tratta di un tipico insediamento moderno “scivolato” dalle pendici collinari verso la statale, caratteristico della riva sinistra dell’Arno, che ha permesso una sostanziale conservazione del centro storico, oggi vocato soprattutto come meta turistica, e delle terre agricole verso sud, dominate, oggi come secoli fa, dalle coltivazioni della vite e dell’olivo.